주식을 대량으로 거래하는 기관투자자들이 일정한 전산 프로그램에 따라 수십 종목씩 주식을 묶어서(바스켓) 거래하는 것을 말한다. 매도나 매수에 대한 의사결정은 매매자가 하지만 나머지 모든 과정은 시스템이 알아서 하는 방식으로 진행된다. 프로그램 매매는 지수차익 거래와 비차익 거래로 구분할 수 있다. 지수차익 거래는 현물과 선물을 다른 방향으로 동시에 매매함으로써 현물과 선물 종목 간에 일시적인 가격차이가 발생할 경우 위험을 줄이고 안정적인 수익을 추구하는 거래이며, 비차익 거래는 선물과 연계하지 않고 현물 바스켓을 매매하는 거래다. 기관투자가들은 흔히 지수 영향력이 큰 20~30개의 주식집단을 대량으로 매매하므로 프로그램 매매는 종합주가지수에 큰 영향을 끼친다. 특히, 지수차익 거래에 있어서 선물을 매도하고 현물을 매수해 놓은 상황에서 일정시점 이후 이익 실현을 위해 선물을 매수하고 현물을 매도할 경우, 집중적인 현물 매도에 의해 종합주가지수가 급락(반대 경우는 급등)하는 경우가 종종 발생한다. 하지만 이는 선물거래의 만기 도래로 인해 일시적으로 나타나는 현상이다. 비차익 거래의 경우에도 종전에 매수(매도)해 두었던 프로그램 매수(매도) 물량이 일시에 증권시장으로 쏟아질 때 종합주가지수 상승(하락)을 초래할 수 있다.