낮은 세율로 분리과세하던 이자소득과 배당소득을 종합소득에 합산하여 과세하는 것을 말한다. 이는 금융소득에도 누진세율을 적용하여 공평과세를 실현하기 위한 제도이다. 당초 금융소득종합과세는 1996년부터 실시되었으나 1997년말에 발생한 금융ㆍ외환위기로 그 실시를 전면유보하였다. 그러다가 2001년 종합과세소득에 누진세율을 적용하여 종합과세하였으나, 2004년에는 과세제도를 간소화하여 금융소득이 4천만원 초과한 경우 종합과세 및 분리과세를 할 경우를 비교하여 큰 금액으로 과세한다로 변경되었다. 이자소득세율은 종전의 20%에서 15%로 인하되었다. 이후 2013년에 기준금액이 2천만원으로 하향 조정되었다. 금융소득이 2천만원 이하인 경우는 원천과세로 납세의무가 종결되며, 금융소득이 2천만원을 초과할 경우 초과금액에 대해서는 근로소득ㆍ사업소득ㆍ부동산임대소득 등 다른 종합소득과 합산해 6～38%의 누진세율로 종합과세한다. 과세의 대상은 비과세소득과 분리과세대상 금융소득을 제외한 나머지 금융소득이다. 사채이자, 상장사 및 장외등록 법인의 대주주가 받는 배당소득, 비상장사의 주주가 받는 배당소득, 국외에서 받는 이자의 배당소득 등에 대해서는 금융소득이 2천만원 이하이더라도 다른 소득과 합산해 종합과세한다.